船用變壓器在運行中短路損壞的原因主要包括以下幾個方面：

過載：變壓器在工作過程中如果負載過大，會導致其過熱，進而引發短路和損壞。過載不僅會增加變壓器的溫度，還可能導致繞組變形或絕緣材料老化，最終導致短路。外部短路沖擊：變壓器在外部電路發生短路時，會受到強烈的電磁力作用，導致繞組形變或絕緣擊穿，從而損壞變壓器。這種情況下，變壓器的鐵心和繞組可能會因為短路電流產生的強大磁場而發生變形或損壞。

內部絕緣損壞：變壓器內部的絕緣材料如果老化或損壞，也會導致短路故障。絕緣材料的老化通常是由于長時間的高溫、濕度或其他環境因素引起的。漏電流過大：如果變壓器的漏電流過大，可能會導致系統掉電，進而引發短路和其他故障。漏電流過大通常是由于變壓器的絕緣性能下降或接地不良引起的。

電壓異常：變壓器在接收到非預期的電壓（如逆序電源接入）時，可能會導致設備損壞，甚至發生短路。電壓異常會對變壓器的正常運行造成嚴重影響，增加短路的風險。冷卻系統故障：變壓器的冷卻系統如果出現故障，無法有效散熱，會導致變壓器過熱，進而引發短路和損壞。

綜上所述，船用變壓器在運行中短路損壞的原因多種多樣，包括過載、外部短路沖擊、內部絕緣損壞、漏電流過大、電壓異常以及冷卻系統故障等。針對這些原因，應采取相應的預防措施，如合理設計電路、定期檢查和維護變壓器、確保冷卻系統正常運行等，以提高變壓器的可靠性和安全性。